Geneza Instytutu Historii UR sięga początku lat 70. XX w. W roku akademickim 1973/74 po raz pierwszy zorganizowano, na ówczesnej Wyższej Szkole Pedagogicznej, studia zaoczne na kierunku Historia. 1 X 1974 r. powołano Samodzielny Zakład Historii, zatrudniający początkowo 4 pracowników. W roku akademickim 1981-82 zakład przekształcono w Katedrę Historii, a po roku w Instytut Historii.

Szybki rozwój instytutu nastąpił pod koniec lat 80. XX w., co wiązało się przede wszystkim ze znacznym zwieszeniem kadry naukowo-dydaktycznej. W 1990 roku pracowało w Instytucie już 14 profesorów i docentów oraz 22 doktorów i magistrów. Wzrost liczby pracowników wiązał się z rozbudową struktury organizacyjnej. Pod koniec lat 90. XX w. w ramach Instytutu funkcjonowało już 12 zakładów badawczych a liczba pracowników wzrosła do 52.

Od początku lat 90. podejmowano starania o uzyskanie uprawnień do nadawania tytułu naukowego doktora. Zaowocowały one uzyskaniem tych uprawnień w roku 1993. W 1999 r. wczesny Wydział Socjologiczno-Historyczny uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego w dziedzinie historia.

Systematyczny rozwój naukowy przekładał się na rozwijanie kontaktów oraz współpracy z wieloma ośrodkami naukowymi zarówno w kraju jak i za granicą. Instytut Historii ściśle współpracuje z uczelniami ukraińskimi (m.in. Uniwersytet im. Iwana Franki we Lwowie, Uniwersytet im. Jurija Fedkowycza w Czerniowcach, Uniwersytet Przykarpacki im. W. Stefanyka w Iwanofrankowsku) czy słowackimi (Uniwersytet w Preszowie). Wśród zagranicznych partnerów wymienić można także Universita degli Studi w Lecce oraz Universita di Sapienza w Rzymie, Państwowy Społeczno-Ekonomiczny Uniwersytet w Saratowie, Uniwersytet w Timisoarze czy Uniwersytetem w Oradei.

Instytut Historii odgrywa także bardzo ważną rolę w życiu społecznym regionu. Przy instytucie działa szereg regionalnych kół stowarzyszeń oraz towarzystw naukowych, m.in. rzeszowski oddział Polskiego Towarzystwa Historycznego czy Towarzystwa Historiograficznego. Ze względu na profil kształcenia od wielu lat rozwija się współpraca z placówkami szkolnymi różnych stopni. Instytut realizuje szereg programów edukacyjnych dla młodzieży (np. Olimpiada Historyczna, konkursy tematyczne itp.), wykładów otwartych, warsztatów oraz pokazów.

Od roku akademickiego 2019/2020 Instytut Historii wchodzi w skład Kolegium Nauk Humanistycznych Uniwersytetu Rzeszowskiego. Oferta edukacyjna obejmuje trzy kierunku studiów I oraz II stopnia: Historia, Kulturoznawstwo oraz Turystyka Historyczna i Kulturowa (wszystkie w trybie stacjonarnym). W Instytucie działają dwa koła naukowe: Studenckie Koło Historyków UR oraz Koło Naukowe Studentów Kulturoznawstwa. W ramach tego ostatniego funkcjonuje sekcja turystyczna „Bez granic”.

W ramach działalności naukowej Instytut Historii wydaje szereg czasopism naukowych:

- „Galicja. Studia i materiały” (red. nacz. dr hab. Szczepan Kozak prof. UR);

- „Anabasis. Studia Classica et Orientalia” (red. nacz. dr. hab. Prof. Marek Olbrycht);

- „Limes. Studia i materiały z dziejów Europy Środkowo-Wschodnie”;

- „Kavkaz. Przeszłość-Teraźniejszość-Przyszłość” (red. nacz. Dariusz Popek).