Czym dysponujemy w laboratoriach

Instytut Biotechnologii

Mikrobiologia i Genetyka Molekularna

W pracowni konstruowane są szczepy drożdży o ulepszonych charakterystykach produkcji przydatnych biotechnologicznie związków takich jak bioetanol, biodiesel, witaminy w tym witamina B2, antybiotyki, glutation. Wartym podkreślenia jest fakt, iż dzięki finansowaniu zakupu sprzętów z projektów naukowych możliwe jest zaopatrzenie laboratorium w najlepszej klasy sprzęt laboratoryjny pozwalający na konkurowanie z najlepszymi grupami badawczymi w tematyce prowadzonych badań. Do takich sprzętów zaliczyć można chromatograf HPLC Shimadzu, aparat do qRT-PCR oraz spektrofluorymetr Shimadzu, wymienić można również mikroskop fluorescencyjny Olympus BX51, termocyklery, aparaty do elektroforezy, transiluminator.

Pracownia mikrobiologiczna wyposażona jest w sprzęt pozwalający na prowadzenie badań nad drożdżami Saccharomyces cerevisiae, Ogataea polymorpha, Candida famata, Komagataella pastoris, Pichia stipitis, Pichia salicis oraz bakteriami, głównie Escherichia coli, Streptomyces davaonensis. Do najważniejszej aparatury zaliczyć możemy VITEK® 2 Compact, BioScreen, komory laminarne, wytrząsarki, wirówki laboratoryjne ze zmiennymi rotorami. Aparatura ta pozwala na prowadzenie zaawansowanych oraz nowoczesnych badań z zakresu biotechnologii i biologii komórki.

Laboratorium fermentacyjne wyposażone jest w bioreaktory BioFlo 115 firmy New Brunswick o objętościach 1,3L (2 sztuki) oraz 7,5L wraz z oprzyrządowaniem. Kontrolę warunków hodowli mikroorganizmów zapewniają stacje sterujące (2 sztuki), dzięki czemu możliwe jest równoległe prowadzenie kilku hodowli. Urządzenia te wykorzystywane są głównie do prowadzenia fermentacji drożdży Candida famata produkujących ryboflawinę (witaminę B2).

Pracownia dydaktyczna obejmuje 16 stanowisk pracy dla studentów, wyposażona jest w podstawowy sprzęt do realizacji ćwiczeń laboratoryjnych jak pipety automatyczne, wytrząsarka typu Vortex, mikroskopy optyczne, wirówki z chłodzeniem, wytrząsarka rotacyjna, autoklaw, spektrofotometr UV-Vis, sprzęt do elektroforezy poziomej, itd. W sali ćwiczeniowej dostępny jest również rzutnik multimedialny. W pracowni realizowane są zajęcia z przedmiotów takich jak: mikrobiologia, podstawy biotechnologii, technologie mikrobiologiczne, aparaturoznawstwo, nowoczesne techniki inżynierii genetycznej, inżynieria genetyczna drobnoustrojów.

Pracownia dydaktyczna obejmująca 16 stanowisk pracy dla studentów, wyposażona w wirówkę próżniową, system do suszenia żeli, komorę PCR, mieszadła magnetyczne, termoblok, wagę analitycznę, wagę laboratoryjną, wytrząsarkę kołową, łaźnię wodną, autoklaw, mikroskopy świetlne, binokulary, wentylowane szafy na odczynniki, wytwornicę lodu. Sala wyposażona jest również w rzutnik multimedialny. W pracowni realizowane są ćwiczenia laboratoryjne z przedmiotów: biologia komórki, genetyka ogólna, mikrobiologia, inżynieria genetyczna drobnoustrojów, molekularna analiza mikrobiologiczna, chemia i biotechnologia medyczna, bioinżynieria komórki eukariotycznej.

Biologia komórki

Pracownia wyposażona w urządzenia pozwalające na hodowlę linii komórkowych w warunkach in vitro: komory laminarne, inkubator z CO₂, odwrócony mikroskop fluorescencyjny Olympus BX71, automatyczny licznik komórek TC-10, wirówkę z chłodzeniem, wirówkę nablatową, termoblok, cytometr Muse™ Cell Analyzer. W pracowni realizowane są badania z zakresu biologii komórki nowotworowej, starzenia komórkowego czy toksykologii molekularnej.

Genetyka molekularna

Pracownia wyposażona w sekwenator, komorę laminarną, termocyklery, aparaty qRT-PCR, system do detekcji i dokumentacji żeli i membran G-Box, spektrofotometr UV/VIS NanoDrop, aparat do elektroforezy poziomej, wirówkę. W pracowni realizowane są badania z zakresu genetyki i biotechnologii molekularnej.

Pracowania mikroskopowa wyposażona w cytometr obrazowy In Cell Analyzer 6500 HS, obrazowy cytometr przepływowy FlowSight®, mikroskop fluorescencyjny Olympus BX60. W pracowni realizowane są badania m.in. poziomu i lokalizacji składników komórkowych, procesu apoptozy, cyklu komórkowego, poziomu uszkodzeń DNA czy badania z zakresu cytogenetyki molekularnej (FISH).

Pracownia mikrobiologiczna wyposażona w komory laminarne, cieplarkę z wytrząsaniem, autoklaw, komorę badań cieplnych, wagę analityczną, mieszadło kołyskowe, mieszadło magnetyczne, system do ultraczystej wody. W pracowni realizowane są badania dotyczące m.in. diagnostyki in situ wirusów, bakterii, grzybów oraz toksykologii molekularnej.

Biotechnologia molekularna

Pracownia  wyposażona w hybrydyzator, spektrofluorymetr TECAN Infinite^® M200, system do elektroforezy poziomej, cieplarkę z wytrząsaniem, wirówkę z chłodzeniem, systemy do elektroforezy pionowej i poziomej, termomikser, wytrząsarkę do płytek, system do detekcji żeli, elektrobloter białek, dygestorium, wirówkę nablatową, wytrząsarkę kołową, vortexy, wentylowaną szafę na odczynniki wysokoreaktywne, wagę analityczną, pH‑metry, system ultraczystej wody, potencjostat-galwanostat. W pracowni realizowane są badania z zakresu biotechnologii analitycznej, molekularnej czy proteomiki.

Pracownia analiz instrumentalnych

Specyfika pracy zespołu badawczego

Prowadzone badania: występowanie i zanikanie pozostałości ksenobiotyków w materiale roślinnym i próbkach środowiskowych, szacowanie narażenia konsumentów na pozostałości pestycydów pobierane z żywnością, wpływ procesów przetwarzania żywności na zawartość substancji czynnych środków ochrony roślin, trwałość i biodegradacja ksenobiotyków w środowisku. Pracownicy zespołu zajmują się analizą związków chemicznych technikami: chromatografii gazowej, cieczowej, spektrometrii mas i absorpcyjnej spektrometrii atomowej, a także optymalizacją i opracowaniem nowych metod analitycznych.

Fot. 1 Chromatograf gazowy z detektorami μECD i MS.

Chromatograf gazowy, model 7890A (Agilent Technologies, Palo Alto, CA, USA) sprzężony z detektorami: wychwytu elektronów (μECD) oraz detektorem mas, model 7000 (GC–MS/MS QqQ). Pozwala na analizę jakościową i ilościową związków organicznych o temperaturze wrzenia poniżej 350/400 °C. Pozwala na oznaczenie substancji występujących w złożonych mieszaninach wieloskładnikowych, w próbkach: wody, żywności, gleby, materiale biologicznym czy lekach. Połączenie chromatografii ze spektrometrią mas pozwala na rozdział mieszanin i otrzymanie widm umożliwiających identyfikację nieznanych substancji. Zastosowanie układu z potrójnym analizatorem kwadrupolowym umożliwia pracę w trybie monitorowania reakcji następczych (najbardziej miarodajną metodą potwierdzania obecności danego związku z próbce).

Fot. 2 Spektrometr absorpcji atomowej

Spektrometr absorpcji atomowej firmy Analytik Jena model ContrAA 700 z ciągłym źródłem promieniowania - lampa ksenonowa emitująca widmo ciągłe (Analytik Jena AG, Niemcy). Urządzenie wyposażone jest w atomizer płomieniowy i bezpłomieniowy (kuweta grafitowa), umożliwia oznaczanie pierwiastków na poziomie śladowym w różnego rodzaju próbkach. Dodatkowym wyposażeniem jest mineralizator mikrofalowy – zapewniający szybkie przygotowanie próbek do badań.

Fot. 3 Przygotowanie próbek do analizy, ekstrakcja pestycydów metodą QuEChERS

Proteomika i metabolomika

Pracownia zajmuje się analizą białek i peptydów uczestniczących w szlakach metabolicznych oraz pełniących rolę terapeutyczną (m.in. przeciwciała monoklonalne). Prowadzimy również badania niskocząsteczkowych związków pochodzenia naturalnego wykazujących aktywność biologiczną (flawonoidy, kwasy fenolowe, flawonoidy i olejki etyeryczne). Eksperymenty obejmują analizę i określanie właściwości biologicznych badanych komponentów. Prowadzimy również badania dotyczące biosyntezy nutraceutyków przez mikroglony.

Na wyposażeniu pracowni znajdują się fotobioreaktory do hodowli mikroglomów, automatyczny licznik komórek TC-10 (Bio-Rad), aparaty do ekstrakcji olejków eterycznych, automatyczny system ekstrakcji do fazy stałej (Visiprep™ SPE, Sigma-Aldrich), łaźnia ultradźwiękowa (Polsonic) oraz liofilizator Alpha 1-2 LDplus (Martin Christ) oraz drobny sprzęt jak termoblok, termomikser, wytrząsarki.

Posiadamy układ do analizy proteomicznej: aparaty do elektroforezy SDS-PAGE i ogniskowania izoelektrycznego (Bio-Rad), zaawansowany system do obrazowania żeli – PharosFX™ Plus (Bio-Rad).

Do rozdziału i analizy chromatograficznej w proteomice i badaniach niskocząsteczkowych związków wykorzystujemy systemy:

LC-MS/MS – chromatograf cieczowy (nanoAcquity, Waters) sprzężony ze spektrometrem mas (amaZon ETD, BRUKER) typu pułapka jonowa

LC-MS/MS – chromatograf cieczowy UPLC (Acquity, Waters) sprzężony ze spektrometrem mas (Synapt G2, Waters) wyposażonym w hybrydowy analizator kwadrupol i czas przelotu (QToF)

Chromatograf UHPLC (UltiMate 3000RS, Dionex) z detektorem fluorescencyjnym (UltiMate 3000RS, ThermoFisher Scientific)

Chromatograf HPLC (UltiMate 3000, Dionex) z detektorem spektrofotometrycznym UV-VIS.

Pułapka jonowa spektrometru mas Bruker amaZon ETD

System LC-MS-MS Waters - Synapt G2 Waters

HPLC UV-VIS Dionex

System obrazowania żeli Pharos FX Plus – Bio-Rad

Liofilizator Alpha 1-2 LD plus - Martin Christ

Fotobioreaktory do hodowli mikroalg

Aparaty do ekstrakcji

Akcesoria do proteomiki